Diz-se que a Virgem de Atocha foi trazida para a Espanha pelos discípulos de São Pedro ou também por São Lucas. A próxima referência é do século VII e é atribuída a San Ildefonso, arcebispo de Toledo, a cuja diocese pertencia Madri. Ildefonso escreveu a um padre de Zaragoza insistindo que não se esquecesse de visitar uma imagem de Nossa Senhora, conhecida como a Virgem de Atochar, com um menino sentado em seu joelho esquerdo e uma maçã na sua mão direita. Acontece que naquela época, o caminho para Toledo partindo de Zaragoza passava por Alcalá e por Madri.
Apesar da tradição afirmar que a Virgem de Almudena era Negra, a imagem que agora podemos observar é morena. Já a Virgem de Atocha é uma estátua de madeira, muito escura, com os trajes pintado em tons azuis e dourados. O tipo da estátua, seu tamanho e características indicam que foi e é uma virgem negra. Seguramente o original que surgiu das mãos do artesão ( certamente o autor desta e de outras tantas estátuas não foi São Pedro nem São Lucas, pois acreditando na lenda eles não teriam feito outra coisa senão esculpir) e talvez a imagem que agora contemplamos tampouco é aquela a que se referem as primeira crônicas citadas.
Segundo consta, no ano 720 a Virgem de Atocha estava em uma ermida na margem do rio Manzanares, próxima a atual Ponte de Toledo, em um lugar que ficaria conhecido como Santiago, o Verde, devido ao fato de ser uma zona muito fértil. Gracián Ramirez, um nobre visigodo que tinha um castelo em Ripa Carpetana (atual Rivas Vaciamadrid) entre os rios Jarama e Henares, e que costumava visitar a ermida todos os dias, constatou uma bela manhã que não estava ali a imagem. Ao procurar, encontrou a estátua nos atochares. Deste termo dizem alguns autores que deriva o nome da Virgem, que significaria campo de esparto, vegetal que era muito abundante nas ribeiras do rio. Outros propõem que Atocha deriva de Antioquia, de onde procederia a imagem. Há quem aponte uma procedência basca baseando-se na etimologia de Vallecas ou Valle del Kas, enquanto outros derivam do grego Theotokos, Mãe de Deus, cujas siglas figuram aos pés da sua cadeira.
Gracián decide erguer uma nova ermida no lugar do seu achado, caminho de Vallecas, hoje avenida Ciudad de Barcelona, muito próxima se não no mesmo lugar onde hoje está sua Basílica. Quando estavam se realizando as obras foram atacados pelos muçulmanos, que temiam a construção de uma fortaleza. Para evitar que sua esposa e filhas caíssem nas mãos dos infiéis, e com o consentimento delas, Gracián decapitou as duas com sua espada. Então os testemunhos falam de um impressionante resplendor que desorientou os atacantes e que fez com que fugissem em debandada. Acredita-se que este fato facilitou a reconquista de Madri.
Quando acabou a contenda, Gracián Ramírez tomou consciência do que havia feito. Estava confuso, culpado e cheio de fúria. Chorava entre a multidão de cristãos agradecidos ante a imagem, por sua intervenção na vitória. Quando conseguiu abrir caminho até o altar viu, ajoelhadas e em primeiro plano, sua esposa e suas duas filhas que, novamente vivas, oravam e só mostravam uma cicatriz no lugar da ferida.
